Fundado oficialmente en 1968 por vecinos del barrio ceutí Patio Castillo, hizo su aparición en la categoría regional preferente de fútbol bajo el nombre “Club Deportivo Castillo”.En 1973 se fusiona con el CF Serrallo, pasando a denominarse oficialmente “CF Castillo-Serrallo”.Posteriormente ambos clubes vuelven a ser independientes y el Castillo desaparece de competiciones oficiales.Durante la década los 80s participa en numerosos torneos locales de fútbol sala, hasta que en 1989 Juan Fajardo hace oficial la refundación del club con el nombre de “Fútbol Club Castillo”, haciendo su aparición en la temporada 89-90 en la Segunda División de Ceuta de la Federación Española de Fútbol Sala (FEFUSA).
En la primera temporada consigue ascender a Primera División; y en la siguiente temporada, recién ascendido, logra la hazaña de proclamarse campeón de la máxima categoría de Ceuta, obteniendo el pase para disputar el Campeonato de España y terminando por obtener el ascenso a División de Honor. Toda una serie de hazañas más aún teniendo en cuenta que se trataba de un equipo formado casi en su totalidad por familiares autóctonos del Patio Castillo sin ninguna financiación ni patrocinio externo.
Por falta de recursos económicos y por obligaciones laborales y familiares de los jugadores, el club decide renunciar a su plaza en la División de Honor y seguir compitiendo en la Primera División de Ceuta, logrando siempre acabar en los primeros puestos hasta que en la temporada 94-95 desaparece de competiciones federativas por los mismos motivos, dando por finalizada así la etapa más exitosa y recordada del club.
Desde entonces participó en torneos no oficiales muy esporádicamente, hasta que en 2023, tras casi treinta años inactivo, reaparece en la Liga de Veteranos organizada por la Real Federación de Fútbol de Ceuta, con varios jugadores de la época y nuevas incorporaciones.
